Анализ ликвора на опухолевые клетки имеет умеренную чувствительность и высокую специфичность. Амебы, грибы (особенно криптококки) и организмы токсоплазма гондии присутствуют в образцах после цитоцентрифугирования, но их трудно идентифицировать без подтверждающего окрашивания..
Опухолевые клетки в ликворе
В качестве доказательства вовлеченности СМЖ в лейкемический процесс принимается наличие более 5 клеток / мкл с 
однозначными лимфобластами в центрифугированных препаратах. Лимфоматозное вовлечение проявляется очень клеточным мазком, который состоит из мономорфных атипичных лимфоидных клеток и требует иммуноцитохимических исследований и цитометрии.
Острый лимфобластный лейкоз является наиболее распространенным лимфопролиферативным заболеванием с участием субарахноидального пространства у детей. Диагностические трудности
возникают, когда в ликворе имеется только несколько аномальных клеток, смешанных с реактивными лимфоцитами. В этом случае необходим проточный цитометрический анализ.
Острый лимфобластный лейкоз в ликвора (Рис.8). Обращает внимание однородность бластных клеток, которые имеют скудную голубую цитоплазму, нежный хроматин и одно или два ядрышка
Лимфома в ликворе
Неходжкинская лимфома, включающая лептоменинги, обычно представляют собой высокозлокачественные
опухоли с выраженным фенотипом В-клеток (CD20 и CD 79a положительны)/• Лимфобластная• Крупноклеточная иммунобластная• Лимфома Беркитта
Цитология СМЖ имеет диагностическую ценность только у 30% первичных лимфом ЦНС и 80% системных лимфом с участием ЦНС. Поэтому дифференциальная диагностика должна всегда включать лимфоцитарный плеоцитоз, который может быть вызван излучением, химиотерапией и инфекциями у пациентов с ослабленным иммунитетом/
Метастатические опухоли в CSF
Метастазы представляют собой половину опухолей, обнаруженных в образцах СМЖ. У
взрослых наиболее распространенными злокачественными новообразованиями, распространяющимися на СМЖ, по частоте являются: карцинома молочной железы, легких и меланомы и т. д.
При исследовании ликвора — первичная опухоль, как правило, уже известна. В СМЖ клетки из этих опухолей, харатеризует злокачественный вид. Все они имеют высокое ядерно/цитоплазматическое отношение, нерегулярные ядра, грубый хроматин и ядрышки с плотной резко выраженной цитоплазмой. Иммуноцитохимические исследования оправданы, если первичная информация неизвестна, поскольку они не сохраняют морфологические характеристики.
Первичные опухоли ЦНС
Первичные опухоли ЦНС составляют только 10-20% от положительных образцов ликвора..Основные опухоли,
выявляемые в СМЖ пациентов с первичными новообразованиями ЦНС — низкодифференцированные глиомы (астроцитомы) у взрослых и медуллобластомы у детей..В низкодиффренцированных глиомах клетки опуходи имеют скудную, тонкую цитоплазму и плеоморфные нерегулярные ядра с везикулярным хроматином. Медуллобластома состоит из небольших круглых синих клеток, расположенных в кластерах. Эти клетки имеют скудную базофиллическую цитоплазму, плотные темные ядра и незаметные ядрышки. Тем не менее, для избежания диагностической ошибки необходимы клиническая история и иммуноцитоокрашивание.