Иммунная система кишечника или лимфоидная ткань, ассоциированная с кишечником (GALT) — важная часть общего иммунитета человека. GALT препятствует проникновению бактерий и пищевых антигенов из просвета желудочно-кишечного тракта через эпителий слизистой оболочки кишечника (СОК). В тоже время, GALT позволяет транслокацию небольших количеств жизнеспособных и мертвых бактерий как важную информацию для иммунной системы организма. Иммунные клетки (ИК) кишечника организованы в различные отсеки, компартменты, такие как лимфатические узлы, лимфатические фолликулы и Пейеровы бляшки. Одиночные ИК распределены внутри СОК, а также между эпителиальными клетками.
Чтобы справиться с различными проблемами GALT использует, по меньшей мере, две стратегии. Во-первых, она обеспечивает иммунное исключение с помощью секретируемого иммуноглобулина A (sIgA), который ингибируют колонизацию СОК патогенными бактериями. Во-вторых, GALT обладает механизмами, позволяющими избегать чрезмерной реакции на безвредные вещества, появляющиеся на поверхности СОК. Последнее явление называют оральная толерантность, которая отчасти объясняет, почему у большинства людей отсутствуют неблагоприятные иммунные реакции на продукты питания.
Тем не менее, у некоторых лиц иммунная система кишечника даёт преувеличенный ответ на составляющие пищи; эта реакция называется пищевая аллергия. Местные бактерии кишечника так же способствуют защите поверхности СОК, создавая “эффект барьера” против болезнетворных микроорганизмов — сопротивление колонизации. “Эффект барьера” включает несколько механизмов, включая конкуренцию за рецепторы и метаболические субстраты на поверхности СОК и синтез регуляторных факторов, таких как жирные кислоты с короткой цепью и бактериоцины (белки-антибиотики, синтезируемые бактериями).